穆薩·阿爾斯蘭汗在實現喀喇汗王朝的伊斯蘭化，鞏固了自己的統治地位后，開始了對外擴張。當時，薩曼王朝由于不斷的內訌而勢力大減，而且八拉沙袞的副汗蘇來曼足以牽制這個老對手，薩曼王朝已難以構成對自己的威脅。另外薩曼王朝是一個伊斯蘭教政權，這就失去了“圣戰”的口實，難以激起穆斯林士兵的宗教狂熱，不利于戰勝對手。穆薩·阿爾斯蘭汗決定選擇于闐佛教王國為征服目標。于闐當時執政的是李氏家族，該家族長期統治于闐，世代篤信佛教，對喀喇汗王朝強迫佛教徒改宗伊斯蘭教的做法非常不滿，當喀什噶爾的佛教徒發動反抗強制改宗的暴動時，于闐給予了支持。這就給喀喇汗王朝提供了“圣戰”的口實。

上世紀初在敦煌發現了一件和闐文書《于闐王尉遲蘇拉于沙州大王曹元忠書》。這是于闐王尉遲蘇拉在占領喀什噶爾后，向沙州大王、歸義軍節度使曹元忠報告攻占喀什噶爾的戰爭經過和今后打算的一封書信。從信尾署年推斷，喀喇汗王朝與于闐李氏王朝這次宗教戰爭的爆發時間最遲不晚于公元962年，也就是穆薩·阿爾斯蘭汗宣布伊斯蘭教為國教的兩年后。戰爭初期，于闐由于得到信仰佛教的高昌回鶻和吐蕃的支持，占據了優勢。經過八年的戰爭，于闐軍隊占領了喀什噶爾，當地居民望風歸順，穆薩·阿爾斯蘭汗戰敗后逃往中亞，他的“寶物、妻子、大象、良馬及其他，還有他部下的財物”，都成了于闐軍隊的戰利品。于闐在占領喀什噶爾后，一邊安撫百姓，樹立傀儡政權，一邊遣使分頭向宋朝和沙州曹元忠報告獲勝消息和今后打算，并送上所繳獲的部分戰利品。派往宋朝的使者是一位名叫吉祥的佛教僧侶，送給宋朝的貢品就是從喀什噶爾繳獲的一頭會跳舞的大象。《宋史》記載：開寶四年(公元971年)，“其國(于闐)僧吉祥以其國王書來上，自言破疏勒國得舞象一，欲以為貢，詔許之”。于闐所以要向宋朝報告戰況并進貢大象，一方面是地方政權向中央政府應有的例行公事，另一方面是對宋朝在戰爭期間給予于闐的道義上的支持表示感謝。

喀什噶爾之戰后的20多年里，-戰爭進入了拉鋸狀態。雙方之間互有攻守，小規模戰斗時有發生。在此期間，喀喇汗王朝奪回了喀什噶爾，穆薩·阿爾斯蘭汗去世。公元998年，一支3萬人的于闐軍隊再次挺進到喀什噶爾城下，并對這座城市進行了長期圍困。當時喀喇汗王朝的大汗是穆薩之子阿里·阿爾斯蘭汗。長期圍困造成城內發生饑荒，民心浮動。阿里·阿爾斯蘭汗只得出城背水一戰，結果于闐軍隊戰敗，撤退到兩國邊界的英吉沙一帶。阿里·阿爾斯蘭汗隨后率軍跟蹤追擊，雙方在這里形成對峙的態勢。伊斯蘭教教歷388年(公元998年)1月末，兩軍在烏達卡拉展開激戰，于闐軍隊乘喀喇汗王朝軍隊禮拜之機突然發起進攻，喀喇汗王朝軍隊大敗，大批將士戰死，阿里·阿爾斯蘭汗也在激戰中陣亡。后來穆斯林群眾在他陣亡的地方為他建造了陵墓；這座以奧當麻扎著稱的陵墓至今尚存。

阿里·阿爾斯蘭汗死后，長子阿赫馬德·托干汗繼位。阿赫馬德·托干汗執政后，繼續同于闐作戰。不久，喀什噶爾發生了反對伊斯蘭教的暴動，于闐乘機出兵，一舉占領喀什噶爾。阿赫馬德·托干汗不得不派其堂兄弟玉素甫·卡迪爾汗前往中亞，向副汗求援。副汗派出了一支由四位伊瑪目率領的四萬人的軍隊，隨玉素甫·卡迪爾汗火速趕往喀什噶爾。由于這支生力軍的參戰，喀喇汗王朝士氣大振，戰局急轉直下。早已疲于戰爭的于闐軍隊漸漸不支，開始潰退，喀喇汗王朝收復了喀什噶爾。玉素甫·卡迪爾汗進入喀什噶爾后，征集了兩萬名穆斯林士兵，連同原來的軍隊，號稱14萬大軍?？雇醭能婈牻涍^準備開始向和闐進發。在葉城的庫姆熱瓦特兩軍展開了激戰，從中亞來的四位伊瑪目之一的穆依丁陣亡，喀喇汗王朝在付出了沉重的代價后，打敗了于闐軍隊。1006年喀喇汗王朝終于攻占和闐城，滅亡于闐李氏王朝。

和闐城陷落后，一支逃到位于波婁之路的山上的于闐軍隊被追兵消滅。另一支退往東部山區；同當地居民一起，繼續同喀喇汗王朝軍隊戰斗。他們利用伊斯蘭占領者不熟悉地形的有利條件，不斷出擊；進行了頑強的抵抗。在策勒波斯坦的一次戰斗中，四位伊瑪目中所剩的三位伊瑪目全部被反抗的佛教徒打死，當地至今仍存有名為“四伊瑪目麻扎”的墳墓。于闐佛教徒的反抗大約持續了半個多世紀才逐漸停息下來。所以，于闐民間至今還有于闐和喀喇汗王朝“百年戰爭”之說。

伊斯蘭教憑借武力，即以“圣戰”的方式傳播到于闐地區；結束了佛教在這里千余年的統治。這是伊斯蘭教傳人新疆后，對佛教的一次沉重的武力打擊。從此，佛教勢力基本上退出了塔里木盆地西部和南部地區，這個傳統的佛教地區成為伊斯蘭教地區和伊斯蘭教繼續向新疆其他地區傳播的重要基地。

喀喇汗王朝和于闐佛教王國的這場曠日持久的宗教戰爭，時間之長在世界歷史上是罕見的。在近一個世紀的時間里，塔里木盆地西部至南部地區成為刀光劍影、硝煙彌漫的戰場。長期的戰爭給南疆地區的社會經濟造成了空前嚴重的破壞，給廣大勞動人民帶來了沉重的災難。千百萬人或家破人亡，或流離失所，人口銳減，田園荒蕪，嚴重阻滯了南疆社會的發展。