新疆歷史上就是多種宗教并存的地區，且一直持續至今。目前新疆主要有伊斯蘭教、佛教、基督教、天主教、道教等。中國政府實行宗教信仰自由政策，新疆全面貫徹執行這一政策，依法保護公民宗教信仰自由權利，保障宗教界的合法權益，促進宗教事業健康有序發展。

宗教信仰自由是中國憲法賦予公民的一項基本權利。《中華人民共和國憲法》規定：“中華人民共和國公民有宗教信仰自由。”“任何國家機關、社會團體和個人不得強制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧視信仰宗教的公民和不信仰宗教的公民。”“國家保護正常的宗教活動。”國務院頒布的《宗教事務條例》規定：“公民有宗教信仰自由。任何組織或者個人不得強制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧視信仰宗教的公民或者不信仰宗教的公民。信教公民和不信教公民、信仰不同宗教的公民應當相互尊重、和睦相處。”中國的其他相關法律法規，對保障公民宗教信仰自由也有具體規定。國家強調在法律面前人人平等，公民有信教自由，也有不信教的自由，公民宗教信仰自由的權利與承擔相應的義務相一致。侵犯公民宗教信仰權利要承擔法律責任，無論是否信仰宗教，違反法律規定同樣要承擔法律責任。

在新疆，各族人民充分享有宗教信仰自由的權利，信教或不信教完全由公民自由選擇，受法律的保護，任何機關、團體和個人不得干涉。截至2008年，全區有清真寺、教堂、佛道教寺廟等宗教活動場所約2.48萬座、宗教教職人員2.9萬多人、宗教團體91個、宗教院校2所。20世紀80年代以來，新疆赴沙特朝覲的人數已累計超過5萬人，近年朝覲人數保持在每年2700人左右。截至2008年，新疆宗教界人士在各級人民代表大會、政治協商會議擔任職務的有1800多人，他們代表信教群眾積極參政議政，并對政府貫徹宗教信仰自由政策進行監督。

新疆現有10個少數民族的大多數群眾信仰伊斯蘭教，人口1130多萬。伊斯蘭教清真寺由改革開放之初的2000多座發展到現在的約2.43萬座，教職人員由3000多人增加到2.8萬多人。新疆伊斯蘭教經學院成立以來，使用維吾爾語等少數民族語言授課，為全疆各地培養了489名伊瑪目、哈提甫或宗教學校教師,現有在校生161人。2001－2008年，新疆伊斯蘭教經文學校培訓宗教教職人員達2萬多人次。由各地（州、市）伊斯蘭教協會舉辦的經文學校、經文班和宗教人士帶培的塔里甫有3133名，畢業塔里甫1518名，已有803名擔任宗教教職。從2001年開始，為了培養高層次的伊斯蘭教教職人員，新疆先后選派47人赴埃及、巴基斯坦等伊斯蘭國家的伊斯蘭教高等學府留學深造。

歷史上，新疆地區不同宗教之間、同一宗教的不同教派之間發生過很多沖突。10世紀中葉，信仰伊斯蘭教的喀喇汗王朝和信仰佛教的于闐王國進行了40余年的宗教戰爭；明清時期，伊斯蘭教內部進行了幾百年的爭斗。這些宗教之間的戰爭和宗教內部的爭斗，嚴重影響了各宗教和教派之間的團結、社會的和諧與穩定。新中國成立以來，宗教信仰自由政策的貫徹實施和對宗教事務的依法管理，促進了新疆各宗教的和睦相處，信教和不信教公民以及不同宗教信仰公民的相互尊重和理解，各族群眾沒有因為宗教信仰的不同和教派的不同而產生矛盾和沖突。