東鄉族族源在學術界有多種說法，較有代表性的有兩種：
 

1、回回色目人為主說。

東鄉族是以居住在東鄉地區的回回色目人(即信仰伊斯蘭教的色目人)為主體，加上成吉思汗征服中 亞后解體的撒爾塔人，并融合了一部分蒙古人、漢族人等而逐漸形成的。此說漸為學術界認可，尤為本 民族所接受。其主要根據為：
 

(1)從史籍記載看。十三世紀二十年代，成吉思汗征中亞，為了擴充軍隊，每陷一城，都要將大量的 中亞人強迫編入蒙古軍中，或將其編為單獨部隊，稱為“簽軍”。同時成吉思汗還在中亞大量征集各種 工匠和有技藝的人隨軍服役，或將他們押送后方進行生產。據《元史·太祖紀一》記載，1226年，成吉 思汗征伐西夏，此間又率兵繼續南下，“渡河攻積石州”先后攻破臨洮府及河州、洮州等地，當時河州 已成為蒙古軍隊的重要屯戍之地。而從中亞被簽發來的中亞士兵和工匠，也隨著蒙古軍進入河州東鄉地 區，并在這一地區被編入“社”，定居下來，成家立業，繁衍生息。他們逐漸與東鄉地區別的民族相互 融合而形成東鄉族，并采用了蒙古語。
 

(2)從民間傳說看。在東鄉族群眾中，廣泛流傳著自己的祖先是中亞細亞的撒爾塔人的說法。
 

(3)從地名看。東鄉地區的許多村莊，至今仍保留著以工匠的工種和以屯墾、牧養活動而命名的名字 ，如村名有“勉古赤”，意為銀匠；“托木赤”意為鐵匠；“陶毛赤”，意為制革匠；“阿類赤”，意 為編織匠；“沙黑赤”，意為沙罐匠；“一哈赤”，意為陶瓷匠；“坎遲赤”，意為麻織匠；“巴素赤 ”，意為狩獵者；“郭尼光”，意為羊溝；“夫格光”，意為牛溝。這些村名，顯然是元代中亞人遺留 下來的。此外，還有一些地名與中亞一帶的一些地名相同或相似，如東鄉地區的甘土光、納倫光、薩勒 、胡拉松等地名，分別與中亞的干土城、納倫城、撒里普勒、呼里珊地名相同或相似。
 

(4)從體形看。大多數東鄉族男子高鼻梁、深眼窩、長胡須、橢圓臉；女子白皙、濃眉、大眼等。這 些體形特點與中亞人相似，而與蒙古人則差異較大。
 

(5)從宗教信仰看。中亞色目人與東鄉族都信仰伊斯蘭教。
 

(6)從姓氏和心理素質看。東鄉族的姓氏有馬、巴、牙、丁、買、米、下、侖、且、坡等，其中以馬 姓為最多。馬、丁等姓一般來自本民族人名的首音或尾音的漢語音譯，因中亞撒爾塔人信仰伊斯蘭教， 他們多以伊斯蘭教創始人穆罕默德之首音“穆”，取諧音馬為姓。由此可見東鄉族的祖先是從中亞一帶 來的。
 

此外，東鄉族人在本民族內部論理是非和表明心跡時，常以“撒爾塔”起誓?？梢?ldquo;撒爾塔”一詞 ，在東鄉族人的共同心理素質上的作用。
 

東鄉族族源中的主要成分是中亞回回人。為什么東鄉族操蒙古語呢?其原因在于元時蒙古人是統治者 ，回回色目人是被統治者，在河州和東鄉地區屯墾戍邊的回回兵士及各種匠人都由蒙古人統率，況且他 們來自各地，語言本不相通。在此情況下，他們接受一般官方的和通用的語言是很自然的。
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2、蒙古人為主說。

此說的主要根據為：
 

(1)從語言看。東鄉族與現代蒙古族的語言都屬于阿爾泰語系蒙古語族，語法的結構基本相同，有 55%左右的詞匯相同或相似。特別是許多基本詞匯，如數詞、生產、生活用具等，東鄉語與蒙古語大都相 同。
 

(2)從習俗看。東鄉族保留了許多與蒙古族相同的風俗習慣，如放鷹、賽馬以及有的地區所舉行的“ 那達慕”和某些服飾等。
 

(3)從歷史記載看。元代東鄉地區就有若干蒙古軍駐屯，后來，大部分調走，以留下的這部分蒙古人 為主發展成為東鄉族。
 

除上述兩種說法外，還有回族為主說；吐谷渾為主說；沙陀突厥為主說等。