五代時，泉州刺史五延彬“多發蠻舶，以資公用……郡人藉之為利，與招寶侍郎”。20世紀70年代，惠安出土10世紀波斯藍色瓷瓶碎片。這表明10世紀泉州與波斯貿易頻繁，伊斯蘭教伴隨傳入是理所當然的。

　　北宋元佑二年（1087年），泉州設置市舶司，隨后設立來遠驛、蕃坊。蕃學，并允許創建清凈寺和建立外國人墓葬區。于是阿拉伯、波斯穆斯林客商紛至沓來。如北宋大觀、政和年間（1107-1117年 ），“泉南請建蕃學”。時居留泉州的“諸蕃有黑白二種，皆居……蕃人巷”。所謂“蕃人巷”，即蕃坊。據現存通淮街圣友寺里的《重立清凈寺碑》云，南宋紹興元年（1131年），波斯“有納只卜·穆茲喜魯丁者，自撒那威從商舶來泉，創茲寺于泉州南城”。有一位波斯穆斯林叫施那威（波斯人有以其籍貫地名作名字的習慣），為了讓在泉州貿易、傳教的外國穆斯林能夠安心生活，于紹興三十二年（1162年）在泉州東郊山坡上，購買土地，剪除雜草，夷鏟其瓦礫，“則廣為窀穸之坎，且復棟宇，固以垣墻，嚴以扃鑰，俾凡絕海之蕃商有死于吾地者，舉于是葬焉……生無所憂，死者無所恨矣……是獎大有益于互市……生無所憂，死者無所恨矣……是將大有益于互市”。南宋嘉定十年（1217年），日本佛教僧人慶政上人到泉州開元寺學法，帶回阿拉伯文字的伊斯蘭教詩歌。在泉州后來也發現多方南宋末年的阿拉伯穆斯林的墓碑，他拉的身份有的是貴族，有的是教長，有的是商人。宋末阿拉伯穆斯林的后裔蒲壽庚，因協助政府擊海寇有功，授官福建安撫使兼沿海都制置使，掌握財產“巨萬，家僮數千”，成為導元傾宋的主要力量。

　　南宋淳佑十年（1250年），伊斯蘭教建立馬木魯克王朝，勢力大振。南宋開慶元年（1259年），旭烈兀在大馬斯革的第三次西征軍被馬木魯克王朝，擊潰而東歸，開始了來南宋的過程。元軍把大批穆斯林各族人民作為戰利品，南下福建的邵武、福州和泉州。如元大德元年（1297年），伊斯蘭教創始人穆罕默德的后裔賽典赤·異密·烏馬兒，任福建行省平章政事，時省治設泉州。

　　隨著蒙古西征的東歸，許多阿拉伯、波斯穆斯林商人，通過海上貿易通道，把伊斯蘭教向東傳播。蘇門答臘島是東西交通的中轉站。自 13世紀中期至14世紀中期的100年間，大量阿拉伯、波斯穆斯林客商涌向泉州。他們在泉州建清凈寺、設蕃坊。如也門人奈納·歐默爾教長和波斯人加麥爾丁等人各造一座清凈寺。據泉州《重立清凈寺碑》載，元代泉州城內的清凈寺“增至六七”座。元至正七年（1347年），摩洛哥大游歷家、虔誠的穆斯林伊本·巴都他，以印度使臣的身份到泉州港，會見住泉州的波斯人蕃坊理訟師塔及愛丁，著名教長不魯罕丁和開瑪爾愛丁，以及大商人舍刺甫丁。

　　早在南宋就寓居廣州的阿拉伯人蒲開宗，原為占城富商。于南宋嘉泰四年（ 1204年）以前從廣州舉家遷徙泉州。蒲開宗因貿易有功，被授予“承節郎”官銜，并于嘉泰四年任安溪縣主簿。蒲氏長子蒲壽，于“咸淳七年（1217年）知梅州”；次子蒲壽庚，景炎元年（1276年）“授福建、廣東招撫使總海舶”。元初，壽庚累官至行省平章政事。壽庚長子師文，授官正奉大夫宣慰使左副元帥兼福建道市舶提舉。蒲氏父、子、孫的相繼任官，對發展泉州的海外貿易，促進泉州伊斯蘭教的傳播有巨大的影響。伊斯蘭馬木魯克王朝和中國的元朝，是泉州伊斯蘭教傳播的鼎盛時期。

　　元至正十七年到至正二十六年（1357-1366年），泉州港的波斯人萬戶賽甫丁、阿迷里丁和市舶阿巫那，介入元末宮廷內訌的奪權斗爭，泉州港巨額的稅收，因此成為爭奪的焦點。史稱“亦思巴奚”戰亂，泉州伊斯蘭教受到嚴重打擊。入明之后，朝廷宣布“禁蒲姓者不得讀書入仕”，伊斯蘭教受到嚴重摧殘。明永樂五年（1407年）,皇帝頒布保護伊斯蘭教敕諭，泉州伊斯蘭教得到保護，至今敕諭碑仍砌于清凈寺墻上。

　　明代，泉州回族內部出現了不少的儒士化知識分子，他們一方面淡化伊斯蘭教信仰，另一方面在儒禮所涉及的典章制度里，找到了儒、道、釋、回四者最根本的共同點，即對天要敬、奉天、法天，對已要其心誠敬，其行明潔。如思想家李贄的二世祖林駑，娶波斯婦發為妻。宣德元年（1426年），其后裔在《榮山李氏族譜·垂戒論》譴責先祖林駑“從妻為色目人”，家族中有人“從母為色目人者”。認為先祖信仰伊斯蘭教是“迷于色目之俗而不能悟；不祖其祖而祖人之祖；不行其行而行夷狄之行；俾其子孫胥而為夷”。嘉靖三十二年（1554年），李贄族兄林開先的祖母迭貞勤臨終遺囑云：“吾父……家襲清凈之教，迨其將終也，授其祖教而囑人以三日葬之……葬吾禮當亦如之”。迭氏逝世后，林開先，李贄等卻認為“今乃欲如其命也，則有所大不忍者而侍其情。于是以周公、仲尼之道葬之”。這就是以儒家孝道取代伊斯蘭教習俗。



此外，明代儒林士子也以儒、道釋的思想來附會伊斯蘭教教義，如嘉靖間進士王慎中在《李母金氏七十壽序》里，詮釋穆斯林金氏的婦道、教道，是她“一念清凈真體”的結果。又如萬歷三十七年（1609年），李光縉《重修清凈寺碑記》提出，“儒道如日中天，釋道如月照地，余謂凈教亦然。”進而從道教角度強調通淮街清凈寺“峙文廟青龍之左角”，說“茲樓之勝，于文廟有關”。李光縉在《重修清凈寺募緣疏》里，強調清凈寺的重修要按道教“籌坎離而宅其中”。因此這次重修，是按道教的太極、兩儀、四象、八卦、乾元、九天等來設計的。

　　嘉靖、萬歷年間，泉州伊斯蘭教勢力衰退了，從通淮街清凈寺的修繕即反映出來。如正德二年（1507年）的重修是靠一批穆斯林募捐進行的。隆慶六年（1567年），修木塔五層，是知府萬慶捐俸，由住持夏東升等人董其役。萬歷三十五年（1607年），泉州在大地震，寺樓頹其角，由知府姜志禮、知縣李侍問捐俸重修，由住持夏日禹等董其役。清康熙二十六年（1687年），泉州大風，禮拜寺塔圯，再沒有能力修復了。

　　清代，泉州伊斯蘭教有幾次重興，均由來官泉州的穆斯林捐資協助，并倡導教務。如康熙四十八年（1709年），都督陳有功、提標陳美等目睹泉州伊斯蘭教式微，“即延師諫督我教門諸子，學經解篆”，重興通淮街清凈寺，重修靈山圣墓，嘉慶二十三年（1818年），提督馬建紀來官泉州，在禮拜教規。同治十年（1817年），提督江長貴來官泉州，自聘阿訇，倡導教務。但著江長貴離去，教務隨之而頹。

　　民國13年（1924年），許寶玉阿訇受北京回教總會的派遣，來泉州住持清凈寺。時濟南道伊唐柯三贈對聯云：“清真乃吾教所宗，畏天命、畏圣言，應共守先賢訓誨；孝悌是人倫之本，愛國家、愛團體，當更具有民族精神。”民國25年（1936年），成達師范校長唐柯三派畢業生張玉光阿訇住持泉州教務。按張阿訇自述，其時清凈寺“勢如孤廟”，教徒“未聞主麻之舉”，“只知不食豬肉，其他皆無禁忌”。論人口，“僅信仰薄弱之回民十一戶”；論經濟，“則十舍九寒”；論人才，“更寂焉無聞”。張氏以舊禮拜大廳租與宰牛公司，以月租金倡辦成達師范附設小學。后改名清真國民學校，倡教務，復教者漸眾。民國28年（1939年），在清凈寺成立中國回民抗日救國協會福建省分會，到會代表六七百人。分會下轄白奇支會和檀江、陳江二個區會。省分會會址設泉州清凈寺，出版《正源月刊》，宣傳教義和抗日救國。民國29年（1940年），張阿訇辭世，唐柯三派金明增阿訇繼任。民國37年（1948年），馬厚恩阿訇繼之，直至新中國成立。

　　新中國成立后，以清凈寺為中心，回族人開展一系列活動。如 1951年，創辦清真民校。組織清真文工隊宣傳土地改革、抗美援朝、婚姻法、墾荒。以后又配合宣傳“三反”、“五反”。又自編歌劇、相聲，到前線慰問海防戰士。1955年，成立泉州市伊斯蘭教協會。“文化大革命”期間，停止宗教活動。1983年，召開泉州第二屆穆斯林代表會議，黃秋潤連任伊協主任。同年，清凈寺進行全面修繕，從寺內遷出十多戶長回民。1985年以來，從寧夏、安徽等地聘請阿訇住持清凈寺教務，舉辦阿拉伯語學習班，翻譯宋元時代阿拉伯文字石碑。幾年來，接待多批中、近東地區的國家的大使、參贊來寺參觀。1988年10月，中國東南沿海伊斯蘭教文史工作談會在清凈寺召開。1991年2月，聯合國教科文機構組織的海上絲綢之路考察團到泉州，清凈寺是考察的重點之一。1993年5月，泉州伊斯蘭教協會主任黃秋潤，參加中國穆斯林朝覲團，前往麥回朝圣。