唐代主要因商務活動，以阿拉伯海、孟加拉灣、馬六甲海峽，到南海登陸的海上航線稱“香料之路”，從此海路進入中國的阿拉伯與波斯穆斯林，多在廣州、楊州、泉州、長安等地。公元７５７年唐肅宗借調大食兵，經波斯陸行長安、洛陽，平定了“安祿山之亂”，大大轉變了朝庭的觀點，大大有利于穆斯林在中國的留居與伊斯蘭教的傳播。經中亞西亞（甚至歐洲）、帕米爾高原、河西走廊的“絲綢之路”入華的穆斯林，始居西北的阿克蘇、庫車、和田、河州一帶；顯而易見中阿友誼由來已久。唐初政治與外交關系甚密，唐代許可大食人與中國女子通婚，娶屯蔭子，安居樂業，有的大食人當時因歸路不通，有的商務纏綿，個別傳教者又隨遇而安。唐朝開始后的數百年，熱情對待阿拉伯人與波斯商人及使者；清真寺許建，方便了穆斯林的宗教活動，促使他們逐漸以華土為家，他們世居華夏成為中國籍民。大食人的足遍大江上下與中國南北，但其任何方面，都必與中國原有的漢、蒙等民族發生關系，年長日久，互相影響彼此促進，和平共處。穆圣指示：“學問雖遠在中國，也當以求之”，大大鼓勵了居中國的穆斯林學習的積極性，伊斯蘭教在中國扎根是中阿友誼之象征與結晶。唐時起，大食人攻讀漢學者日多，隨漢俗取姓名，應試中榜者與日俱增，《南部新書》云：“大中以來，禮部放榜，歲取三、二人，姓氏稀僻者，謂色目人，變謂曰榜花?！鄙咳思次饔蛉?，用阿語稱名者不習用于漢人，故“姓氏稀僻者”指大食人。

　　宋代，與阿拉伯友好往來不斷，獎外貿增稅收，來華穆民愈多，促進國家收入，官府乘西域客商每年回家時機歡送，“常因墑設，蕃人大集”。我國沿海久居許多巨富蕃商，掌握那里的經濟命脈。中亞伊斯蘭文化名城布哈拉王卡達爾為避鄰國侵害，率五千多男女來開封（汴京），后來自愿遷安徽、江蘇落居，傳播圣教，得宋神宗的厚待，始建泉州清凈寺、杭州鳳凰寺等分布各地的清真寺。穆斯林立寺學經，保持宗教修養，過著愉快生活，傳宗接代，生根開花。在沿海及西北“已有云游四方而帶有神秘色彩的蘇菲學者的足跡”，應試者層出不窮，不少人當官參政。

　　元朝建立前后，蒙古人屢次西征，成吉思漢征調大批阿拉伯人、中亞人組成“西域親軍”進入我國，參加滅宋戰爭的“多達數十萬人”。據《元史》載，“西域親軍”中的許多工匠、軍士，按戰爭需要，分配全國各地從事屯、墾、牧、養等活動，他們是穆民又是伊斯蘭教宣傳者。由于成吉思汗“自率軍渡河攻積石州”，“三月破洮、河、西寧三州”，河州成為蒙古軍屯戌重地，自然也成為西域人久居的新故鄉。元代安西王阿蘭達皈依伊斯蘭教，“所部士卒１５萬人，聞從而信教者居其大半”，其中的工匠、商人、軍經師、農民、士、達官貴人、學術之士，后來多散居西北，宋朝把這些人作為“回回人”，這些人首先與皈圣教的漢、蒙婦人結婚安家，至今臨夏回族自治州（河州）境內以簽軍氏地、工匠命名的村莊許多?！睹魇罚饔騻鳌分兄^：“元時回回遍天下，及時居甘肅省尤多。”“香料之路”上，云帆御風百舸爭流，西方穆斯林蕃商胡賈遠涉重洋來華貿易，多居沿海近地，從事物資交流，互通有無，引進奇珍異物，同時發展著伊斯蘭文化，周密《癸辛雜積續集》說：“今回回皆以中原為家，江南尤多。”從北方到南方，從內地到邊疆，從農村到成鎮，到處都有穆斯林，伊斯蘭教發展到全國各地，據估計有２００萬人。元時穆斯林助蒙滅宋，功勞顯赫，在科學、仕宦、蔭敘等方面得以優待，政治地位僅次于統治民族蒙古人，而高于漢人及其他民族，許多穆斯林享受官祿。同時涌現出卓有歷史貢獻的穆斯林，據陳垣《西域人華化考》介紹，元時著名的政治家賽典赤．瞻思丁、文學家扎馬魯丁、建筑工程家亦爾丁、設計與建造北京的馬合馬沙父子，文壇名人有薩都刺、高克恭、丁鶴年、馬九皋、忽辛、溥博、勖實戴、亦都忽立、瞻思、古雅謨丁、愛理沙、魯至道、仉機沙、別里沙、習閶、榮僧、丁野春、察罕、可里與丁?！睹魇贰分杏性滤沽謧鹘陶撸常岸嗳恕＿@些穆斯林譽滿全國，名垂青史，其才智與成就，為壯大祖國文化事業有不可泯滅的作用。

　　到了明代，對伊斯蘭教的對待比較優惠，褒多于貶，這與一大批穆斯林的累累戰功，卓著政績分不開。歷代傳誦、家喻戶曉的開國大將常遇春、沐英、蘭玉、馮刖、胡大海、湯和、鄧愈，勛建明朝以后成為皇上心腹，文武兼治，號稱“十回保朱”（朱——朱元璋）；開國虎將常遇春官至鄂國公、功封開平王；武將沐英討吐蕃、鎮云南、墾地修渠，為民謀利，追封為默寧王。聞名世界的伊斯蘭教徒鄭和，敢于為天下先，２８年之內，率領舉世無匹的龐大船隊七次下西洋，游訪亞、非等地，開辟海上般線３００余條，溝通了中亞、中非國家的友好往來，鄭和的祖父，父親都是“哈吉”，對鄭和之宗教陶冶根深蒂固；所以他在遠向世界的隊伍中聘請一些經師阿訇，無非適應旅途生涯中的宗教活動及禮儀，必然對國內外產生伊斯蘭教　的作用與影響；鄭和下西洋在宣德五年（１４３０），宣宗據他奏章下敕諭由國家開支，重建被焚的“南京成內三山街禮拜寺”，完工后定名凈覺寺?？梢哉f，那時高級階層的穆斯林，上情下達、下情上達，為發展宗教起了不少的作用。明代優待穆斯林的措施相當具體，如：１、洪武初，在西安、南京、滇南、閩、奧，敕修禮拜寺，一則安撫穆民，二則作為穆斯林建國立功的酬謝。洪武道君朱元璋御書《至圣百字贊》，熱忱歌頌伊斯蘭教“降邪歸一”，穆圣“至貴圣人”，五時禮拜“默祝太平”，中國帝五如此仰贊，前所未有。2、永樂五年，宋成祖給米里哈吉敕云：“早以馬合麻（穆罕默德）之教……官員軍民，一應人等，毋得慢侮欺凌”，否則“以罪罪之”，明令保護伊斯蘭教。公元1450年，代宗親筆題北京東四寺為“清真寺”。1519年武宗明令“禁民間畜豬”，若故犯喂養宰殺豬，當全家“發極邊永遠充軍”；還說“諸教之道，皆各執一偏，唯清真認主之教，深原于正理，此所以重教萬世，與天壤久也”；武宗注意儒道佛教，時面訪更研討“天經”30卷，《古蘭經》的徵言妙義感動下吟詩曰：“一教玄玄諸教迷，其中奧妙少人知；佛是人修人是佛，不尊真主卻尊誰！”皇上贊至；穆斯林仰首闊步，呼朋引類，使伊斯蘭教長足發展。明初以來，伊斯蘭教中的蘇菲神秘主義者，活動順勢活躍，在西北河州長眠者不少，其中穆乎隱吉尼等人，為后來的四大門宦在中國的形成起了至關重要的作用。
但是，明朝寬待伊斯蘭教的同時，也有嚴格限制，如：1、政教分離。要求穆民傳教布道，“敬天事上”，不許阿訇按教義管民間訴訟，但對穆斯林實無防礙。2、漢化。禁“胡服胡語”與“胡姓”；只能仿效漢族衣著；變穆民之姓為漢姓；令禁色目人互相配偶，只許與漢人通婚，加快了漢化過程，逐步通用漢語漢文。這樣，伊斯蘭教和穆斯林的地位，比元時一落千丈，終于使不少穆斯林開國功勛被朝遷殘害。加之其他防范，外國人來華經商和傳教者相應減少，于是產于了經堂教育及伊斯蘭教的漢文釋著，又打開了新的另一頁局面。

清朝300年，冷酷的對待伊斯蘭教，充許存在，但只能“順我者昌，逆我者亡”。清政府為了鎮壓穆斯林，支持漢族地主、紳士組織反動武裝“團練”，大肆斥殺穆民、焚毀清真寺。陜西團練公開散發傳單云：“陜西不留回民，天意滅回。必將回民殲除凈盡，回房燒毀不留?！眰魈街帯皾h人先行攻打燒殺，倘遇回民，噍類不留”（7）。甘肅省由殺回屠夫左宗棠正是令洮河以東不許住回民；全國形成 “教門與清朝勢不兩立”。在殘酷的壓迫與歧視下，各族穆斯林“俱行激變”，舉旗反抗，動搖了統治地位，推進了社會發展。穆斯林起義隊伍中“領兵無帥都有是阿訇”（8），銘于史冊的有：1648年（順治五年）米喇印、丁國棟率領“反清復明”，迅速攻占涼州、鞏昌、蘭州、鍬道、明州（臨潭）等地，又控制陜西藏自治區地區，同年東鄉族闖踏天領眾響應，處死官吏，占據河州成域。1781年（乾隆46年），者赫忍耶教派的阿訇蘇四十三、田五領導拉族、回族東鄉族人民，在循化起義，攻占河州，殺死罪官，釋放“罪犯”，經唐汪揮師東進，在東鄉族與漢族群眾的協助下，攻下蘭州西關，破關斬將，殺敵累累，打得清軍“兵不顧將，將不顧兵”，抱頭鼠竄，兩千多義軍官兵對付兩萬余清軍，雖寡不敵眾，白刃格頭而沒一人投降，全部壯烈犧牲，清軍嘆曰：“辦理如此棘手，實非臣意料所及”（9）。云南回族杜文秀（杜大元帥，1823～１８７２，字云煥、號白香，永昌金雞村人，１４風中秀才，１６歲補意開，兼通阿文，著《古蘭釋義八千題》）在咸豐六年于蒙化（今魏山）領導各族人民反清起義，攻占府城大理，建立　大理政權，堅持斗爭１８年，歷史影響之大，已著刊于云南省民族學會回族研究會等單位１９９０年出版式的《杜文秀起義論集》，杜大元帥墓已列為省級文化重點保護單位（１０）。咸豐七年易卜拉罕、習邁鐵里在新疆發動維吾爾族穆斯林起義；咸豐八年，張凌翔、馬河圖領導者貴州穆斯林起義，堅持１４年，咸豐九年馬榮先領四川會理地區穆斯林，展開反清運動；咸豐十一年山東張魯集組織“西域回回大隊”，參加了黑旗軍起義。同治元年（１８６２），陜甘寧青新五省，由白彥虎、河州二阿訇、赫明堂、任老五、鄒玉龍、洪信關阿訇、馬義、白六、于振奎、馬得為、崔偉、楊文治、蘭明泰、孫玉寶、余彥祿、禹德彥、馬生秀、凈興春、陳林、馮均福、畢大才、郭二阿訇等穆斯林中的阿訇經師（大多數）他們領導的起義，聲勢浩大，席卷西北，西北各省建立了根據地，歷時１６年；其中陜西回民以教坊（者瑪提）聯合宗教界人士，組織起十八大營，大興反清風暴；“甘肅自寧夏發難踵而興者馬化龍（教主）反靈州，馬彥龍、馬占鰲反河州，馬桂源反西寧，馬文祿反肅州”（１１），烏魯木齊妥維明率眾響應。光緒２１年，河泊地區暴發了回、撒拉、東鄉族穆斯林起義；光緒３２年哈密地區扎加甫弟兄，率領農民包圍王府，聲討徭役制度。清朝此起彼伏的穆斯林反抗運動，轟轟烈烈地反對階段壓迫與民族歧視，伊斯蘭教起了組織、發動其教眾武裝斗爭的莫大作用，這與伊斯蘭教愛到高壓有密切關系。有些反抗起義規模之大，史無前例，嚴懲打擊了清王朝的反動統治及春走狗漢族地主的武裝團練，從而對辛亥革命給予了良好的影響。各族伊斯蘭教徒英勇頑強，不屈不撓的斗爭精神，以及宏揚伊斯蘭教的貢獻，在中國甚至世界宗教史上，譜寫了光輝的一頁。
然而，這些正義的起義終致失敗，原因何在？眾寡懸殊，指揮戰略失誤是失敗的主因。這個問題涉及宗教的深刻影響，明顯的引起近代史學界與學術界的關注。具體點分析，在歷史發展的大道上，大批穆斯林挺身勇往，參加革命斗爭，但幾乎與宗教必要的公共場所、精神寄托、政治經濟文體的中心——清真寺分不開。清真寺像強烈吸性的磁鐵一樣，激動著廣大穆民的內向力，把各族信教弟兄凝聚在一起，教坊（者瑪提）的聯合很可能成為反搞壓迫與侵犯的基本組織形式；接洽民們相信阿訇經師傳經布道，也信任選賢產生的教坊頭人，服從其領導，聽其指揮；穆斯林跟著阿訇把捍衛民族自下而上的反清起義，陜隘的看為保教的斗爭，帶著濃厚的宗教色彩，雖然把個人行動納入反清的集體活動中，但缺乏明確的政治納與遠大的斗爭目標，不具備太平天國那樣以推翻清為己任，也不像杜文秀大元帥的云南回族起義那樣響亮的反清口號，所以束縛了革命力量的發揮。許多穆斯林南征北戰時仍帶家眷，一面打仗一面履行五功，領導義軍的阿訇在指揮戰斗時又負宗教職責，尤其對烈士（舍黑吉）仍按宗教儀式安葬，逢開齋等節日仍“內營育經”、“眾咸伏地莊聽”，往往使適度人乘虛而入。
穆斯林起義軍，缺乏永久性的廣泛真誠的革命聯合，也是一個與經師們有關的原因。有了《古蘭經》以后穆民認為基督教的“新約”（引支勒）、天主教的“舊約”（則布若）已作廢了，但仍承認為“有經人”、“迷路的弟兄”，所以對信有名無實天主教的太平天國大軍，與尊奉基督教的捻軍的態度時熱時冷，離合反常。學者們有較多的撰文，闡述1862年太平天國嫌合捻軍西征入陜，促進了穆斯林反清起義，“四月二十三日，渭南回民聯絡太平軍攻克渭南縣”同治五年十月，捻軍“前進甘陜，往邊回眾，成為犄角之勢”。在《關隴思危錄》、《賴文光自述》、《平定關隴紀略》、《平回志》等到不少資料中，較詳的記述了穆斯林起義軍同捻軍配合作戰一年余的史實，如《平定關隴紀轉戶口》卷三云：“回捻合謀，欲以捻逆竄攏同朝回逆撲犯省城。”“自回匪猖獗，不殺從教之人，是從者日眾。”凡是信教漢人都“末受到回民擾害”，還互相送禮往來，足證宗教感情起了協和作用，這些不同民族的聯誼反清，打擊了共同的敵人，證明階級利益與反清目標是一致的。然而，穆斯林們總把伊斯蘭教以外的宗教看作外道，又銜清政府及漢族地方武裝團練屠殺穆民錯為漢族的行經，恰好上了清統治者“護漢制回”的騙局，懷疑漢族起義軍甚至仇視漢人，削弱了反清力量，這種伊斯蘭教在階級斗爭中的消極因素，當為反清失敗的一個原因。
“堡壘最易從內內部攻破”，導致穆斯林起義的反清失敗的根本原因還是內因。統治者們絞盡腦汁施行“以回制回”的策略，一方面以政治地位與經濟實惠拉攏各族穆斯林宗教上層人士，用這些人統治穆民；另一方面堅決鎮壓反抗起義；上層有個別阿訇們恰恰利用在起義軍中的大權，迎合“剿撫兼施”政策，大步向敵人胺協退讓，嚴重渙散軍心；他們以數百萬各族穆斯林及漢人的犧牲為賭注，無恥的投懷于鎮壓捻軍與太平天國革命運動的劊子手左宗棠，加強“剿撫兼施”，殘酷的分裂 了革命隊伍，葬送了勝利果實。他們以人民的鮮血換取了官祿，反臉鎮壓和屠殺人民，做出了離經判道，認賊作父的罪惡勾當；在歷史舞臺上這伙人然披著阿訇的外衣，但掩蓋不了從英雄變為狗熊的可恥角色。
在清代，伊斯蘭教嚴懲地被摧殘，就連穆斯林學中文也受到歧視，應舉中榜者僅有“嘉慶年間伍長華中甲戌科探華”，但出現了一些業余搞漢文的釋著學者與漢字經（漢克塔布），較出名的有：伍遵契著釋《修真蒙引》、馬注《清真指南》、常志美《哈控依米諾哈志》（波斯文）、馬德新（復初）《天方性理》及《天方典禮》與天方大化歷史》等百余卷、馬德新（復初）《天方歷源》等30多部，政治家“紀來遲、馬化龍、祁靜一、馬果園、馬良俊、馬明心都有著釋的蘇菲派、格底目、依黑瓦尼學者”；蘇菲派的四大門宦相繼獨立形成；他們的大著與影響，給克困制勝地保持、挽救、宏揚伊斯蘭教，起了承先繼后、繼往開來的作用，為中國伊斯蘭教增加了光彩。另一個面，清朝開放通商口巖，帝國主義殖民主義者長驅直入，商品經濟應運而起，善于經商的穆斯林正中下懷，喜出望外，中外穆斯林向各大城市捷足先登，憑著宗教感情，互相幫助，買賣紅火，北方的穆民飲食，南方的水產，中國的絲綢、外國的珠寶，經營享通，發展了商品經濟，殷實富足穆斯林日益增多，他們便迎合宗教的需要，在上海、漢口、南京、蘇州、無錫等地市興建了較多的清真寺，促進了伊斯蘭教文化。

民國時期（1912～１９４９）我國伊斯蘭教的狀況，略有好轉，但仍處于被侮辰的地位。軍闊混戰，爭權奪利；起義逐多，急于鎮壓；所以對于宗教似乎無暇顧及。孫中山“五族共和”的主張，緩和了民族矛盾，可是漢滿蒙回藏中的“回”指維吾爾族，尚遺了人數較多的回族。國民黨維護統治權利，巧妙利用宗教上層人士制造教派糾紛，轉移穆斯林斗爭的矛頭；卻對于清朝形成的“大漢族主義”路線視而不見，聽而不聞，別有用心的人借電影、戲劇、報章雜志，肆意教唆發生的侮教案達３４次，不斷激起各族穆斯林的無比憤怒，不但罷市罷工，而且齊心協力派代表團向偽政府請愿、抗義，迫使國民黨追糾有關責任。
　　民國初期，只有中國共產黨解放的地方，穆斯林享受著與漢族同等的政治權利和自由，宗教信仰與生活風俗尤受尊重；革命根據地在延安，特為穆斯林興建清真寺，黨政中央要人親臨慶賀?，F將１９４０年１０月２０日《新中華報》的《延安清真寺隆重舉行落成典禮擇抄如下，可見一斑。文曰：“延安清真寺于十月七日落成，踏上步入云天的階石可見石牌上刻著毛澤東親筆贈“清真寺”三個大字，寺前懸有邊區政府送賀的“眾志成城”的匾額。七日下午延安回民同胞，邊區各地回民代表、延安各機關學校團體代表二百余人，在文化溝舉行了落成典禮朱總司令，邊區政府主席，曹秘書長、謝老、羅邁、李卓然、吳亮平、艾思奇等同志親臨參加，定邊馬阿訇身著黑長衣，頭戴門拉帽，英毅氣概現于容表。延安馬阿訇身著黑長衣，頭戴白德司嗒勒（譯音），領導全體回民禮拜，他還朗誦《古蘭經》，嚴肅動人，各位非回族代表肅立寺外以致敬意……”

　　新中國成立以后，中國共產黨領導了，各族穆斯林獲得了自由，我國伊斯蘭教有新的發展。從中央到縣市成立了伊斯蘭教協會，許多地方創立了經學院、中阿文學校，開放與新建許多清真寺；創辦了為穆斯林服務的種類書刊繪畫；出版發行了阿文、波斯文及漢文翻釋的經典；新著也出版陸續問世；著名的清真寺、先賢墓被列為文物保護；組織朝覲的人數逐年增加；與國際伊斯蘭教組織的友好往來與學術交流活動，日益頻繁；各級政府與人民代表大會均有穆斯林代表；還實行了民族區域自治。對于民族平等、不受歧視和壓迫的權利，以及宗教信仰與風俗習慣，都得到憲法與法律的保障。雖然１９５８年平叛擴大化，“文革”十年動亂中大搞逼供信，造成了大批冤假錯案，大量的“破四舊立四新”，伊斯蘭教遭災嚴懲可是在中國共產黨領導下給予了糾正和補嘗。１９９２年四川美術出版社、廣播電臺發生了侮教事件，激起了全國穆斯林游行聲討，上級即時給予了嚴肅處理。１９９２年臨夏回族自治州 白し 藏　清真寺問題，被子錯定為反革命性質，后來甘肅省委省政府派出了有能力有政策水平有威望的干部，經認真調查研究，給予了糾正和安排，維護了穆斯林的合法權益，加強黨群關系，加強了民族團結，安定了社會秩序。共產黨的十一屆三中全會以后，進一步發揚了各行各得、互不干涉、相互尊重，有利團結、尊重歷史、照顧現實的精神，通過疏導與落實政策等工作，及時解決民族、宗教問題，使廣大穆斯林為祖國繁榮而努力。