（一）起因　　　
　　　　中國回族大分散、小集中的居住格局，自形成之時，就于漢族同處一地，由于生活習俗的不同，使雙方的誤解，隔閡日趨加深。特別是西陜甘地區“回漢雜居，俗尚各別，睚眥小忿，本人情所不能無。” 回、漢兩族對于這種因習尚絕殊而導致的“齟齬相仇殺，（亦）視為固然者久矣。”咸豐八、九年間，有些縣分就發生大規模的回漢持械毆斗的事件。 然而，清政府卻利用這種矛盾，采取以漢制回的政策，處處偏袒漢人，“凡爭論斗毆，無論曲直，皆抑壓回民。漢人復持眾欺凌，不知回性桀驁，億萬同心，日積月長，仇恨滋深。”  左宗棠在分折這次戰爭的起因時亦指出，“陜回之禍由于漢回構怨已久，起釁之故實由漢民。”
　　　　
　　　　晚清太平天國起事后，各地都興起了團練，俗稱為勇。清代的勇與兵有嚴格區分，勇是團練即民兵，兵是正規軍。咸豐末年，為了對付太平軍，河南巡撫嚴樹森曾招募了六百名陜西回勇往開封協防，事畢后回陜遣散，為陜西團練大臣張芾所留用。適逢太平天國扶王陳得才勾結捻黨，在同治元年從河南經由武關入陜西，陜西大亂，這批被征的回勇乘亂散走。一批原籍同州、散伙歸家的回勇走到華州（今陜西華縣）圣山小張村，有個回勇看上了村邊的竹子，與姓王的園主商定，每斤銅錢20枚購買。正在砍竹子時，主人的父親來了。老頭得知賣竹子的情況后，覺得價錢低了，想反悔。但是，老頭不是責怪自己的兒子不會做買賣，而是誣陷砍竹子的回勇是偷竹子，雙方發生了沖突。恐怕誰也沒想到，這一沖突，竟然導致了一場驚天動地的大亂。
　　　　
　　　　按照當地官府的規定和民間的習慣，一旦發生盜搶案件，有“鳴鐘告警”一說。竹子買賣雙方發生了沖突，按主人的一面之辭是“偷”而不是“買”，打盜賊是天經地義的事情。于是，隨著鳴鐘聚集而來的當地團練，不分青紅皂白就大打出手，一下子打死了兩名砍竹子的回勇。這一下，麻煩接踵而來。
　　　　
　　　　被打死人一方的回勇，當然不服氣。但是，這些回勇還算通情達理，他們不是以牙還牙，而是到華州官府去告狀，希望官府能主持公道。而當時的華州知州濮堯則認為是回民“越界砍竹”恫嚇說，“爾回子與長毛勾通謀反。打死一回即少一賊”不但不追問被告打死人命責任，反將告狀的回民重責數百，趕出州衙。并且聲言：“向后回傷漢民一以十抵，漢傷回民十以一抵”。（劉東野《壬戌華州回變記》）知州的話語，在傳播中，被變成了“打死回民不必經官”，無疑是火上加油。說起來，這些回勇也不是想鬧事。地方志記載這次沖突道：“官長不為伸理，且為漢人作主，有打死回民不必經官之謠。當此之時，回民亦俯首帖耳，不為少動。”（《華陰縣續志》民國21年本）
　　　　
　　　　華州衙門的捕快班頭秦英，也是個回民，對知州大人的偏袒極為不滿。于是，秦英有心幫這些受了冤屈的回勇一把，他把回勇帶到城外的回族村居秦家莊，與村里的回民一串連，打算結隊到州衙請愿。至此，回民尚沒有反叛的打算。 “亦俯首貼耳，不為少動”，但待到太平軍進抵渭南赤水鎮，華州團練邀約華陰鄉團齊集華州，準備合力堵御，秦家莊回民情愿的消息傳開，就變成了“回回要造反”了：“回民將作捻匪（太平軍）內應，必先除去內患，然后再堵賊匪。”

　　　　于是二華團眾，開至華州回民聚居的堡寨棗秦家村，稱“回民造反，先行剿洗”，秦家莊被團練血洗，又放火燒毀了秦家村清真寺及周圍的回族村莊。事情便越鬧越大。 華縣《縣志稿》卷三<建置志>云：“回族冬春牧羊，踐踏田禾，與漢人沖突。咸豐八、九年，械斗尤烈。自回族在圣山砍竹，州牧濮圭又右漢左回，堂諭云：‘漢傷回民，十以一抵，回傷漢民，一以十抵。’快班頭秦英，回族也，忿忿下堂，謀變愈急。嗣后華山團長白祥生，合渭邑團長張映蘭，緝誅回民十七人于麥田。誅回諜于白泉鋪，回民紛紛北渡，秦家寨，也家灘焚燒一空,遂有回族大禍。”

　　　此后，渭南的馮元佑帶領萬人團，“將回村不分良莠，一概剿洗”。華州、華陰團練剿洗了秦家村一帶的所有回村，又四處遞雞毛傳貼散發：“陜西不留回民，天意滅回，必將回民殲除凈盡，回房燒毀不留”這樣，漢民稱“回回造反”，回民說“漢人滅回”，一場殘酷劇烈的民族沖突開始迅速蔓延。
　　　　
　　　　據《秦難見聞記》記載：“先是同州（今大荔）所屬地方見回即殺。自寶紳格殺勿論之告示出，于是霸橋、斜口、新豐、水溝、藍田一帶，亦如同屬”。巡撫令“曹繼堂往東勸諭，至斜口見奸民（團練）氣勢兇惡，截殺往來回民，因諭之曰：‘汝等不享平安，而多殺無辜，此取禍之道也。一旦回民復仇，汝其無噍類矣。’答曰：‘我等眾逾十萬，糧支數年何怕之有。’
　　　　
　　　　五月十六日,清廷派原任江西.安徽巡撫兼陜西總團練張芾攜同西安回紳馬伯齡，臨潼知縣繆樹本、紳士將若納，和其侄孫張濤等，前往渭南等處“安撫”，張沛等隨帶團練20余人，由省城出發，經高陵至臨潼，再由新豐渡渭河，于到臨潼縣境之油房街后，召集回民進行勸諭。結果談判破裂,回民殺死張芾（張芾是去平撫回民的，卻在轎子里放有“剿回”的傳帖），于是漢民和回民之間的武裝仇殺沿渭河流域迅即展開。
　　　　
　　　　關中各縣，有的是回民先起來反抗漢民，有的是漢民團練先起來洗劫回民，整個關中東部，處于民族仇殺之中。如渭北的耀州、富平、高陵、同官，是漢民先向回民開刀；而臨潼、渭南、同州、大荔、華州、華陰一帶，則是回民占了上風。陜西西安、鳳翔二府,及其它州縣的回民被成縣成鄉成村的遭到屠殺，有些縣城內所有回民無一幸免，而回軍所到之處，也是生靈涂炭，燒殺搶掠，傷及無辜，整個關中地區籠罩在腥風血雨之中。